中国水产科学研究院淡水渔业研究中心成立于1978年，是国家农业科技创新体系中集科学研究、教育培训、成果转化和信息交流于一体的综合性水产研发机构，“八五”期间被农业部评为“全国农业科研综合实力百强研究所”。2002年11月，被国家科技部、财政部和中编办确定为非营利性科研机构，进入国家科技创新体系。

中心现有在职职工180多人，其中科技人员125人，研究员16人，副研究员29人。有享受政府特殊津贴、突出贡献专家3人，院首席科学家1人，博士生导师4人，硕士生导师13人。
 
中心建有农业部淡水鱼类遗传育种和养殖生物学重点开放实验室 、水科院内陆渔业生态环境和资源重点开放实验室；拥有7个研究室：生物技术研究室 、遗传育种研究室 、渔业环境保护研究室 、大水面增养殖研究室 、水产养殖研究室 、水产病害与饲料研究室
和渔业经济和信息研究室 ；同时还建有农业部长江下游渔业资源监测站、长江下游渔业生态环境监测中心、农业部新渔药临床中心指定单位和农业部长江下游渔业资源环境重点野外科学观测试验站。
 
中心成立以来，获得国家、省（部）、市级成果奖励110余 项，其中国家级6项（二等奖2项、三等奖4项），省（部）级38项。发表学报级论文900多篇，学术专著100余本。申报国家发明专利30余项。
   
作为中心重要组成部分的亚太地区综合养鱼研究和培训中心，自1981年起连续承担国家援外技术和官员培训项目，至今已为近100多个国家和地区培训了1500多名高级水产技术和管理人才。中心于1993年与南京农业大学共同成立的“南京农业大学无锡渔业学院”，现拥有水产养殖学和水生生物学2个博士、硕士学位授权点和1个水产养殖学博士后科研流动站。10多年来培养了近百名博士、硕士研究生和近千名本、专科毕业生。