中国科学院南京地理与湖泊研究所的前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所，是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的综合研究机构。中国科学院院士黄秉维、任美锷、周立三曾先后担任过所长。现有在职职工197人，其中有中科院院士1人、研究员35人、副研究员和高级工程师89人。在站博士后近20人，在学研究生规模超过150人。

研究所的战略定位是：以探索自然和人文要素驱动下湖泊（含人工湖泊水库）－流域系统过程、格局及其相互作用规律为基础，开展湖泊资源、环境及区域可持续发展研究。努力将研究所建成学科综合优势显著、地域特色鲜明、国家知识创新体系中不可替代的国际著名湖泊科学综合研究和高层次人才培养基地；国家湖泊资源利用与环境治理工程技术研究中心；经济发达地区可持续发展科学研究与决策咨询中心。

研究所主要面向湖泊水环境与污染治理、湖泊－流域系统演变与调控、流域重大开发工程的生态环境效应以及经济发达地区环境与发展研究领域，重点发展湖泊水文与水资源、湖泊环境与生态、湖泊沉积与环境演化、湖泊－流域相互作用、流域资源环境与区域发展等学科方向。现设有湖泊与环境国家重点实验室、湖泊生态与环境工程研究中心、区域发展与规划研究中心、湖泊野外观测与数据中心（含太湖湖泊生态系统国家野外观测研究站、鄱阳湖湖泊湿地综合研究站、抚仙湖高原深水湖泊研究站和中国湖泊－流域数据中心）。