经国务院学位评定委员会评定，1979年批准医工院具有药物化学、微生物药物学、药剂学、药理学、生化药物学和制药工程学6个学科的硕士学位授予权。1981年，医工院成为全国首批具有博士、硕士学位授予权单位之一。现设有博士后流动站。我院现有以中国工程院院士周后元和侯惠民为首的博士生导师20名，硕士生导师47名。在30多年里，医工院培养了133名博士、570名硕士， 目前在读博士、硕士研究生269名。

建院50多年来，作为应用性研究院，我们的研发始终定位于贴近产业、服务产业、和扎根产业；始终以解决老百姓“看病难，吃药贵”，以降低重要药物品种对国外进口的依存度，以推动我国医药工业技术进步为科研开发的出发点和立足点。因此，我们的研究课题始终来源于生产企业的需求；来源于“非专利药”品种的“me-too”类技术创新；来源于已有重大药物品种的技术改造和工艺创新；来源于“me-better”类具有自主知识产权药物的创新。长期以来，以做产品不做展品和样品为导向；以研究开发“新产品、新工艺”为导向；以解决制约产业化的关键技术为导向，培养和熏陶了一代又一代的研究生；为国家输送了一大批具有解决实际问题的高级药学人才。

进入新世纪，医工院的研究生教育又迈入了新台阶： 2000年，被国务院批准为第八批药学一级学科博士、硕士学位授予单位；同年2月与上海交通大学联合创办上海交通大学药学院；2010年3月，双方又续签了共建上海交通大学药学院的协议。使医工院作为医药行业高素质人才输出源之一的作用得到了进一步强化，正在成为培养高层次、复合型药学人才的培育基地。

目前，我院研究生培养教育的学制为三年，其中硕士研究生一年级理论课学习在上海交通大学进行，课题研究在我院的各实验室完成；博士研究生的理论课学习在我院进行，由我院的博士生导师授课，内容涵盖药学一级学科各专业，以便拓宽学生的专业知识面。我院的大部分研究课题直接来源于企业，所以，我院在培养教育中更注重理论与实践的紧密结合及提升学生解决工业生产中实际问题的能力。由于这一特色，我院的毕业生深受各用人单位的青睐，近年来的就业率达到100%。