中国科学院新疆生态与地理研究所（简称新疆生地所）于1998年7月7日由中国科学院新疆生物土壤沙漠研究所（1961年成立）和中国科学院新疆地理研究所（1965年成立）联合重组成立。

新疆生地所围绕国家西部大开发战略目标，在中国科学院创新基地建设的战略思想指导下，面向干旱区资源开发利用和生态安全与可持续发展战略，在“绿洲系统演化与绿洲生态农业”、“脆弱与受损生态系统恢复与荒漠化防治”、“资源开发利用与区域可持续发展”、“特殊生物资源多样性保护与利用”、“干旱区资源与环境监测与决策”等方面开展前瞻性、战略性、基础性研究。在知识创新三期，新疆生地所致力于将中亚区域科技合作和科学水平推向新的高度,努力建设在干旱区资源环境研究领域具有鲜明特色的国际知名研究所。

新疆生地所现有5个研究室、 9个野外台站。此外，还建有1个院级重点实验室、1个国家工程中心、2个省级重点实验室，并附设有建筑面积4500m2的以干旱区资源与环境为特色的标本馆。

截至2008年底，新疆生地所共有在职职工303人，流动人员539人，离退休人员172人，进创新岗位124人。在职人员中，共有科研人员242人，科技支撑人员59人，包括正高级专业技术人员25人、副高级专业技术人员77人、中国科学院“百人计划”入选者6人、“国家杰出青年科学基金”获得者1人；流动人员中，共有客座研究员25人、在学研究生294人（其中博士生111人、硕士生183人）、在站博士后3人。研究所设有自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、生态学、植物学5个博士培养点和7个硕士培养点，并设有地理学、生物学2个博士后流动站。

2008年，新疆生地所共获省部以上科技奖励11项。其中国家科技进步二等奖2项，分别为“塔里木河中下游绿洲农业与生态综合治理技术”（新疆生地所为第一完成单位）、“塔里木沙漠公路防护林生态工程建设技术开发与应用”（新疆生地所为第二完成单位）；获自治区科技进步奖9项，其中突出贡献奖1项、一等奖5项、二等奖2项、三等奖1项。宋郁东研究员被自治区人民政府授予科技进步奖突出贡献专家奖；“塔里木河中下游荒漠化防治与生态系统管理研究与示范”、“新疆塔里木河流域生态水文问题研究”、“新疆数字地貌的关键技术与应用研究”、“北疆供水工程沙害防治试验研究与应用”、“干旱区生态环境调控与管理”获自治区科学技术进步奖一等奖。此外，“塔里木沙漠公路生态防护林工程”在获评“中国十大科技进展”后再获“中国十大环境友好工程”和新疆工程设计一等奖。

2008年，新疆生地所国际科技交流与合作总量为103批532人次，共派遣出访30批62人次，接待来访73批470人次，涉及到41个国家和地区，与中亚及周边国家的交流量仍然保持在三分之一以上；共举办10次国际研讨会，包括国家层面的国际山地综合发展中心高层战略研讨会、第五届中日科技战略与政策研讨会、中巴边境区域环境保护和可持续发展研讨会、上海合作组织国立科研机构科技合作研讨会等学术会议，其中上海合作组织国立科研机构科技合作研讨会就上海合作组织框架下区域科技合作的机制、平台建设、优先领域和人才培养等内容进行磋商讨论，最终形成了《宣言》，确立了本地区科学院在上海合作组织框架下的合作机制，确定了优先合作领域以及合作方式等问题。

新疆生地所是新疆土壤肥料学会、新疆地理学会、新疆植物学会、新疆科学探险协会、新疆自然资源学会的挂靠单位；承办的科技期刊有《干旱区研究》、《干旱区地理》，以及同名在国内发行的维文版刊物；拥有国家甲级水文水资源调查评价资质证书、国家乙级环评资格证书、国家乙级测绘资质证书、国家乙级旅游规划设计资质证书、乙级土地定级估价证书、农林行业（营造林）乙级工程设计证书。