中国水产科学研究院东海水产研究所创建于 1958 年 10 月，是我国三大海区中面向东海的国家综合性渔业研究机构，现隶属于农业部中国水产科学研究院。建所 50 多年来，为我国渔业经济的发展做了大量开创性工作，取得了一大批科研成果。自 1978 年全国科技大会以来，先后获得国家各级科技奖励 200 多项，其中，国家级科技奖励 19 项，省部级科技奖励百余 项，突出体现了科技作为第一生产力的良好社会效益和经济效益。

全所现有科技人员 200 余人，研究员 29 人、副研究员 51 人；博士生导师 3 人、硕士生导师 31 人；国家新世纪百千万人才工程国家级人选 2人、中国水产科学研究院首席科学家 3 人；农业部有突出贡献的中青年专家 5 人，享有国务院政府特殊津贴的专家 28人。

2003 年，以较强的科技实力进入国家科技创新体系（国家非营利性科研机构），主要研究领域是资源保护及利用、捕捞与渔业工程、远洋与极地渔业资源开发、生态环境评价与保护、生物技术与遗传育种、水产养殖技术、水产品加工与质量安全、渔业信息及战略研究。

2005 年，通过了中国质量体系认证中心 ISO9001 ： 2000 质量管理体系认证，取得了包括海洋水产科研项目（设计、开发）、科技成果转化的质量管理系统认证证书，成为我国渔业科研系统第一个进入 ISO9001 质量管理体系的单位。

2006 年，经中华人民共和国人事部和全国博士后管理委员会批准，建立了“东海水产研究所博士后科研工作站”。

2008 年，经上海市学位委员会、上海市科教技教育委员会等 9 部门批准，我所成为“上海研究生联合培养基地”。