兰州地质所于1998年被认定为基地型研究所，气体地球化学国家重点实验室于1999年第一批进入院知识创新工程试点序列，2002年5月全所进入院知识创新工程试点序列。2000年下半年以来，我所根据知识创新工程试点要求，在气体地球化学国家重点实验室全面实施创新方案的同时，在不断凝练与提升科技创新目标和研究方向、加强创新文化建设的基础上，积极推进体制与机制改革，研究所的综合实力和竞争能力得到了进一步加强，呈现出良好的发展态势。

新世纪之初，恰逢国家实施西部大开发战略和启动“西气东输”宏伟工程，给兰州地质研究所带来了千载难逢的发展机遇，提供了前所未有的发展空间和充分展示综合科研实力的广阔舞台。在这种新机遇、新形势面前，兰州地质所全体职工全面贯彻落实中国科学院新时期办院方针、严格按照中国科学院实施知识创新工程的要求，面向国家战略需求和学科前沿重大科学问题，多渠道争取高层次项目，增强研究所的综合实力和可持续发展能力，为西部油气开发建功立业。我们坚信，40多年油气地质研究的学术积累，独具特色的研究领域，结构合理的研究队伍以及精良完备的分析测试技术体系，装备有九十年代国际先进水平分析测试仪器的气体地球化学国家重点实验室等雄厚基础和条件，加之位居西部的地理优势，使兰州地质研究所有基础、有能力、有条件在“西部大开发”和“西气东输”工程中继续做出与国立科研机构水平相适应的更大贡献，真正成为中国科学院在新时期进军西部油气开发的桥头堡。

基于对国家油气资源的战略考虑，2004年11月，中国科学院党组作出决定，将兰州地质研究所与（北京）地质与地球物理研究所整合，成立兰州油气资源研究中心。整合的目的是加强和集中中国科学院油气资源方面的研究力量，进一步加强和完善油气地质研究队伍，更好地发挥北京吸引人才的区域优势，更好地发挥兰州在西部的地域优势。经过整合，已形成学科较为完整（地质、地球物理、地球化学）的油气资源研究队伍，具备承担油气资源重大研究项目的能力，能直接服务于勘探与开发实践。