中国科学院南海海洋研究所成立于1959年1月，是我国规模最大的综合性海洋研究机构之一，为中国科学院知识创新工程序列单位。现有职工518人，创新编制289人，项目聘用职工72人，研究员65人，博士导师69人，中科院“百人计划”19人（“国家杰出青年基金”3项）和中科院/国家外专局“国际合作伙伴计划创新团队”1个。拥有海洋科学博士后流动站，海洋生物学、物理海洋学、海洋地质学、海洋化学和环境科学5个博士学位授予点和6个硕士学位授予点，在学研究生近300人。兼职两院院士6名（含双聘院士）、博士后和客座流动专家50余人。

重点研究热带边缘海海洋水圈－地圈－生物圈圈层结构及其相互作用特征与演变规律，探讨其对资源形成和环境变化的控制和影响，发展具有南海特色的热带海洋资源与环境过程理论体系和应用技术。根据我国实施“科技兴海”战略和维护海洋权益的需求，以南海区域海洋过程的理论创新为重点，推动海洋应用技术的重大突破，开展海洋矿产资源勘查、海洋生物资源利用、海洋工程环境与军事环境评价和预测等方面与经济建设和社会可持续发展相关的重大科学问题研究和成果转化，为发展我国海洋经济和维护海洋权益做出基础性、战略性和前瞻性贡献。

重点学科领域：热带海洋环境动力与生态过程、边缘海地质演化与油气资源、热带海洋生物资源可持续利用和海洋环境观测体系及其关键技术。

设有中科院热带海洋环境动力学重点实验室、中科院边缘海地质重点实验室（与广州地化所共建）、中科院海洋生物资源可持续利用重点实验室、广东省海洋药物重点实验室、广东省应用海洋生物学重点实验室、中尺度海洋观测（联合）开放实验室和南海深海过程联合实验室；有3个研究室和1个海洋环境工程中心。

拥有大亚湾海洋生物综合实验站（国家野外试验站和中国生态系统研究网络“CERN”站）、海南热带海洋生物实验站（国家野外试验站和中国生态系统研究网络“CERN”站）、湛江海洋经济动物实验站、汕头海洋植物实验站和西沙、南沙深海海洋环境观测站；有“实验1”号、“实验2”号和“实验3”号三艘大型海洋科学考察船；还拥有南海海洋生物标本馆和信息中心。

近50年来，南海海洋所共取得科研成果663项，获国家、中科院、部委和省市级成果奖236项；申请专利143项，获授权专利72项；近年来发表SCI论文541篇。典型代表性成果有“南沙群岛及其邻近海区资源环境和权益综合调查研究”和“热带海洋生物活性物质的利用技术”等。目前主持、承担973、863、国家基金项目等200余项。与40多个国家和地区建立了学术联系与合作，重点发展与欧、美、日、澳等海洋科学发达国家的合作与交流，同时加强与南海周边东盟国家的交流与合作。每年承担咨询或院地合作项目150余项。

南海海洋所是全国海洋科研机构首家获得ISO9002质量体系认证的科研单位，拥有国家“建设项目环境影响评价资格证书（甲级）”、“海域使用可行性论证资格证书（甲级）”、“海洋专项工程勘察甲级证书”、“计量认证资质证书”等。是中国海洋学会海洋物理分会、广东海洋湖沼学会、广东海洋学会等的依托单位。编辑出版《热带海洋学报》（核心期刊）。曾获广东省“文明单位”和广州市“文明单位”。