中国科学院生物物理研究所创建于1958年，是国家生命科学基础研究所。其前身是1957年建立的北京实验生物学研究所。著名生物学家贝时璋院士任第一任所长，现任所长为徐涛研究员。

研究所主要研究方向集中在蛋白质科学和脑与认知科学两大领域，拥有“生物大分子国家重点实验室”和“脑与认知科学国家重点实验室”。2006年12月，经科技部批准，研究所正在筹建蛋白质科学国家实验室。蛋白质科学研究领域包括蛋白质三维结构与功能、生物膜和膜蛋白、蛋白质翻译与折叠、蛋白质相互作用网络、感染与免疫的分子基础、感知觉的分子基础、蛋白质与多肽药物、蛋白质研究新技术新方法等八个重点研究方向。脑与认知科学研究领域包括复杂认知过程及其脑机制、视知觉和注意的基本表达、感知觉信息加工的脑机制、脑与认知功能障碍等四个重点研究方向。

研究所承担了973、科技攻关、863、自然科学基金和院知识创新工程等国家和中国科学院的重大科研任务，取得了令人瞩目的成就。在人工全合成牛胰岛素、酵母丙氨酸转移核糖核酸的人工全合成、蛋白质功能基团的修饰与其生物活性之间的定量关系、胰岛素三维结构与功能研究等生命科学重大前沿领域取得了世界领先水平的研究成果。研究所在获奖成果、高水平论文、授权专利以及成果产业化等方面一直位居全国生物学研究机构前列，科研实力和水平已经接近国际本领域的著名研究所。

研究所是中国生物物理学会挂靠单位。主要出版物包括《生物物理学报》和《生物化学与生物物理进展》，其中《生物化学与生物物理进展》是SCI-E收录期刊。研究所拥有1100平方米的图书馆，馆藏图书28000余册、期刊合订本33000余册；数据库11个，可访问2500余种外文电子期刊。