中国科学院植物研究所地处美丽的香山脚下，占地74公顷，是我国植物基础科学的综合研究中心。其前身为1928年创建的静生生物调查所和1929年成立的北平研究院植物研究所，1950年合并为中国科学院植物分类研究所，1953年改为中国科学院植物研究所。1950年以来，先后获得国家自然科学奖一等奖3项，其他国家级、中科院和省部级科研成果奖160余项。

植物研究所以“整合植物生物学”为学科定位，围绕与植物学发展密切相关的国家战略需求——生态环境、现代农业、植物资源和系统进化等领域，利用实验生物学（包括“组学”）、生物信息学等最新技术和手段，通过植物系统本身不同组织层次（分子、亚细胞、细胞、组织、器官、个体、群体和生态系统）以及植物科学与相关学科和技术的交叉融合进行整合研究。主要发展目标是将植物所建成国际著名的植物科学研究机构，引领和推动我国整合植物生物学的发展。

植物所现有9个研究和支撑部门、1个中外联合实验室、2个国家重点实验室、2个院重点实验室、10个野外台站，还有1个公共技术服务中心和中国科学院生态系统研究网络（CERN）生物分中心。研究和支撑部门包括系统与进化植物学研究中心、植物生态学研究中心、分子与发育生物学研究中心、光合作用研究中心、信号转导与代谢组学研究中心、能源植物研发中心、北京植物园、华西亚高山植物园；中外联合实验室为IOB-TLL甜高粱联合研发实验室；国家重点实验室包括系统与进化植物学国家重点实验室、植被与环境变化国家重点实验室；院重点实验室为中国科学院光合作用与环境分子生理学重点实验室、中国科学院光生物学重点实验室；野外台站包括：内蒙古锡林郭勒草原生态系统国家野外科学观测研究站、内蒙古鄂尔多斯草地生态系统国家野外科学观测研究站、湖北神农架森林生态系统国家野外科学观测研究站，中国科学院北京森林生态系统定位研究站，中国科学院植物研究所正蓝旗浑善达克防沙治沙生态研究试验站、中国科学院植物研究所多伦恢复生态学试验示范研究站、中国科学院植物研究所中国北方林生态系统定位研究站、中国科学院植物研究所内蒙古东乌珠穆沁草原生态系统管理研究站、中国科学院植物研究所古田山森林生物多样性与气候变化研究站、中国科学院植物所内蒙古农牧业科学院乌兰察布草地生态研究站。此外，植物所还拥有亚洲最大的植物标本馆，截至2009年底，标本馆共收藏标本255万份，包括化石标本7万余份、种子标本8万余份。数字化植物标本馆共收录标本信息182万份，图像信息163万张。2008年开始建设的植物图像库目前已收录图片39万幅。

植物所是中国植物学会、北京生态学会、北京植物生理学会、中国植物学会植物园分会、中国花卉协会蕨类植物分会、Flora of China编辑委员会和Journal of Plant Physiology）中国编辑部的挂靠单位。主办的刊物有：Journal of Integrative Plant Biology、Journal of Systematics and Evolution、Journal of Plant Ecology，《植物生态学报》、《植物学报》、《生物多样性》、《生命世界》，其中前3个被SCI收录。

植物所是我国首批博士、硕士学位授予权单位之一，具有植物学、发育生物学、生态学三个二级学科博士研究生培养点，植物学、发育生物学、生态学、细胞生物学四个二级学科硕士研究生培养点，并设有植物学、发育生物学、生态学学科博士后流动站。