学校的前身是1934年创办的湖南国医专科学校，1960年改办为普通高等本科学校湖南中医学院，1990年原湖南科技大学成建制并入湖南中医学院，2002年湖南省中医药研究院与湖南中医学院合并，2006年经教育部批准更名为湖南中医药大学。目前，湖南中医药大学与湖南省中医药研究院实行校院合一的管理体学校有1个国家重点学科（中医诊断学），3个国家中医药管理局重点学科（中医诊断学、中医眼科学、中医外科皮肤科学），8个湖南省重点学科（中医诊断学、中医内科学、中医五官科学、针灸推拿学、中医外科学、中西医结合临床学、中药学、方剂学）。拥有中医学、中西医结合博士后2个科研流动站；有博士学位授权点13个，硕士学位授权点17个。其中以袁肇凯教授为学科带头人的中医诊断学学科在本学科研究领域居国内领先水平。