随着高校智库建设的深入推进，诸多问题逐渐暴露出来。目前大家讨论较多的是高校智库的人事、经费等方面的问题，对于学科与智库建设之间的关系则鲜有讨论；即使讨论，大多也以高校学科如何有利于智库建设为落脚点。不可否认，高校学科可为智库研究提供深厚的学理基础、密集的人才资源，但是，根据“决策咨询制度与中国特色新型智库建设研究”课题组（以下简称“课题组”）对北京、上海、广州的17个高校智库以及部分高校学科建设办公室的调研，发现现有学科体制对高校智库建设存在明显掣肘，需要深化学科体制改革，以推动高校智库的健康发展。
现有学科体制对高校智库发展的制约
智库研究以政策实践和政策过程为研究对象，以改善公共决策系统、提高公共政策质量作为目标，研究范围涉及政策战略、政策规划、政策执行、政策评估、政策分析方法和技术等。从这个意义上讲，智库研究应当具备相应的学科基础，是以跨学科、综合性研究为取向，以问题为中心的知识生产模式，以问题解决和实践应用为着力点。
智库研究具有较强的综合性和应用性，这要求其区别于传统学科的组织管理体系。因此，在当前我国高校的组织管理、评价体系、资金拨付等均以学院为单位、以学科为基础的大环境下，智库建设遭遇了一系列挑战。
第一，组织方式上，依托于单一学科，不利于跨学科、综合性智库的建立。当前高校智库大都依托于某一学科而建，从业人员要想进入这类智库，必须与其挂靠学科完全相同或者高度相关。如此建起来的智库缺乏综合性，不能满足解决复杂问题的需要。
第二，人员构成上，多由学科人才兼任，缺乏职业化的智库人才体系。正是因为大多数高校智库或者依托学院而建，或者由传统的学术研究中心转化而来，管理人员和研究人员多由各学院的老师兼任，只有极少数专门从事智库研究的人员，谓之“小机构、大网络”。这会导致智库研究和运营存在几方面的限制：一是老师们因忙于科研与教学，无暇做政策研究，只是偶尔或顺带写一写政策报告，甚至是相关部门将任务压下来才组织人员进行突击写作，政策报告质量不高；二是大多数老师不擅长政策研究，所提建议往往不切实际而不能落地；三是学院老师对于如何运营、管理智库没有经验，缺乏“思想界的企业家精神”。
第三，评价体系上，仍采用传统学术评价方法，没有建立起针对智库研究人员的评价方式。目前，我国智库专业化刚刚兴起，还没有发展出专门针对智库的评价标准、声望结构和职业模式，因此，大多数高校智库仍采用原有的学术评价体系。当前，虽然有一部分高校将政策咨询报告纳入到考评体系中，例如将获得一定级别的批示等同于某级别的期刊，在一定程度上激发了老师从事智库研究的积极性。但是，本质上智库评价仍然依附于学术评价，而且学术共同体对此类成果认可度不高。第四，经费分配上，多数高校以学院为单位支持学科发展，对智库支持较少。当前直接由高校投资建设的实体性、综合性智库极少，甚至没有。据某高校学科处负责人介绍，高校的资金基本来自财政拨款，国家对这部分资金的用途有着严格的规定，高校没有太多的自主权。建设高校智库需要大量资金支持，而且存在着较大的风险，既有来自财务审计的风险，同时还存在智库建设不成功的风险。在权衡利弊的基础上，本着合理合法的原则，大多数高校在资金拨付时更倾向于以学院为单位，支持学科发展，除非有外来资金支持智库建设，高校才以配套的方式投入。此外，作为学院的二级单位，高校智库在资源分配上往往处于弱势地位。
第五，僵化的学科体制导致跨学科合作困难。当前，我国高校的跨学科合作非常困难，包括“2011协同创新中心”的跨学院、跨校协同等，最终经费都散落到各个学院、学科，没能形成凝聚力和实现真正的跨学科合作。究其原因，以往的跨学科合作多以平台为支撑，宏观上，跨学科往往涉及多个学院，在条块分割的部门本位主义下，必然涉及职权分配、人员和资源的投入等问题；微观上，涉及合作成员之间的成果如何分享，成果贡献度如何切割，尤其是在强调第一作者为成果主要贡献者的学术环境中，常常面临成果认定的难题。因此，当前的跨学科建设主要是以课题为基础的临时性合作，很难收到预期的效果。
第六，公共政策分析学科不成熟，不能满足智库研究的需要。公共政策分析作为智库最直接、最重要的支撑学科，目前在我国的学科专业设置中，被列为公共管理的一个二级学科或专业，从其缘起及其主要学科归属来看，有一定的道理。但是，随着时代的发展，公共政策分析具有更广泛的理论框架与学术视野，是当代最典型的跨学科、交叉学科和综合研究领域之一，同时也是具有较强实践性的学科。因此，需要改变公共政策分析的边缘地位，使其更好地服务于智库建设。
高校智库建设的几点建议
第一，教育部可鼓励高水平综合性院校，或者具有鲜明特色优势学科的大学进行高端智库建设，并给予政策支持。高校仍应以学科科研和人才培养为主，学科科研是智库研究的基础，也是当下知识生产传播的最主要形式，应该夯实学科研究基础。高校智库不在多而在于精，应选取若干个高校智库予以重点扶持和建设。
第二，高校智库应独立打造一支人员结构合理、专兼结合的研究队伍，建成一批实体化、专业性智库。可以将智库以及发挥智库功能并准备建成智库的学术研究机构，与传统学院剥离开来，使其成为学校的二级学院。智库可根据研究方向延揽对智库研究有浓厚兴趣和造诣的多学科人才，建成拥有专业的人才队伍、专业的管理方式、广泛的学科基础的综合性、专业性智库，在此基础上，构建大网络，开阔视野。从而，智库研究人员有时间撰写高质量政策咨询报告，学科老师可专注于学术研究，既有利于智库研究，也有利于学科建设。当然，如果学科老师对智库研究有兴趣，也可通过认可政策咨询成果、给予经济报酬等方式予以鼓励。第三，逐步将智库评价体系与传统学术评价体系脱钩，发展出适合高校智库的评价标准、声望结构和职业模式。在目前的评价体系下，建立智库评价体系可以分两步走：第一步，将政策咨询报告纳入学术评价体系；第二步，建立起侧重政策研究和政策影响、与传统学术评价体系对等的智库评价体系。智库研究评价体系应兼顾应用性成果和生产学术成果，但应更侧重应用性研究，比如政策类成果比重占60%，学术成果比重为40%，并引入利益相关方对智库进行评估。
第四，创办若干份智库类的期刊、杂志，供智库研究人员发表研究成果。政策研究以理论研究作为支撑，但又不同于传统的学术研究，因此，若要建立起智库的评价体系，需要有公开发行的、由同行评审的杂志刊物，供智库研究人员投递学术研究成果。可由若干个有一定影响力的智库创办智库刊物，教育部参与合办或提供相应支持，为高质量的、非涉密的智库研究成果提供发表平台。
第五，推动设立公共政策分析学科，让智库与学院联合培养政策分析人才。可由智库与学院联合培养公共政策分析硕士、博士，一方面解决了高校智库无暇教学的难题，另一方面又避免了纯粹学院式培养，提升政策分析人才的实践能力；待时机成熟，可构建培养政策分析人才的“学院”，由智库研究人员、政府部门官员等共同授课，形成一种实践性的知识生产模式。这也是高校智库发挥人才培养功能的应有之义。
第六，以智库建设为载体，推动高校跨学科合作。智库在组织建制上打破了原有的学科壁垒、弱化了学科组织界限、减少了人为的学术分割，保证科研设施、资源充分共享，更重要的是，为不同学科背景的研究人才实现有效交流与合作提供了可靠的制度保障，从而能够就社会复杂问题形成合力攻关。因此，可以高校智库建设为契机，力促学科交叉整合，推动高校跨学科研究。
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